この場合は、 「Win32 Disk Imager 」では対応できません。

私もいくつか方法を試してみたのですが、簡単な方法としては、

AOMEI Partition Assistant Standard版 ( 無償 )

を利用すると良いでしょう。

注意点は、イメージバックアップがないので、2つのカードリーダーが必要ということです。

この例ですと、ディスク2 (リムーバブル) が Raspi から引っこ抜いた microSDで、ディスク 1 (リムーバブル) が空のmicroSDです。

操作方法としては、右ペイン上段の ディスク2 (リムーバブル) をクリックして選択。

次に、左ペインのメニューから ディスククローン をクリック。モーダルウィンドウが表示されたら、ターゲットの ディスク1 (リムーバブル) を選択して、次へと最後まで進むと、「適用をおしてください」というメッセージがでます。

そうするとメニューの一番左上の「適用」にオレンジ色のマークが表示されていますので、適用を押してバックアップ開始です。